La actual estación de Atxuri es fruto del concurso que, en 1912, organizó la Sociedad de Ferrocarriles Vascongados para sustituir la vetusta estación de 1882 que se había quedado pequeña debido al gran tráfico al que estaba sometida a principios del siglo XX. Al concurso se presentaron Pedro Guimón, Enrique Epalza y Manuel María Smith, siendo elegido este último. Siguiendo las indicaciones de las bases del concurso, Smith proyectó una estación de estilo neovasco dentro del estilo regionalista que tanto éxito estaba teniendo por aquel entonces.

Smith propuso un edificio en forma de “L” de tal manera que las vías quedaban escondidas de la calle. De esa manera consiguió dotar al edificio de gran presencia urbana. La estación tiene, además, un marcado carácter público, casi de espacio urbano, en su planta baja donde se encontraba el acceso, la salida para viajeros, el paso de ganado, el vestíbulo, las taquillas… En el primer piso albergaba una cafetería-restaurante con terraza abierta a la Ría. En su última planta, el edificio contaba con 10 habitaciones.

Especial importancia se le dio al chaflan con la intención de remarcar el carácter urbano. Para ello se doto a la esquina de una torre que rememora a las casas torre, escudos de los territorios vascos y un reloj.