La actual Capitanía Marítima de Bilbao fue en sus orígenes una de tantas villas que edificaron los acaudalados industriales de la villa en el nuevo ensanche de Abando. Esta elegante villa de marcado estilo francés fue encargada por el industrial Ramón de la Sota y Llano.

En 1885 se casó con Catalina Aburto y Uribe y tras estar viviendo los primeros años en alquiler la pareja decidió en 1890 instalar la residencia familiar en las inmediaciones de los Jardines de Albia y la iglesia de San Vicente, en una de las zonas privilegiadas del boyante ensanche de Bilbao.

Esta nueva residencia reflejaba el estatus que había conseguido adquirir Ramón de la Sota en la sociedad bilbaína. Sus múltiples empresas y sociedades le habían reportado, ya para aquella época, importantes sumas de dinero en concepto de dividendos y ganancias. Todo ello hizo que tuviera una posición destacada en la dinámica sociedad bilbaína de cambio de siglo.

La familia solo residió en la casa 10 años ya que se trasladaron en 1900 al Palacio Ibaigane. Aun no residiendo en la casa siguió perteneciendo a la familia hasta la Guerra Civil. El mismo año en el que se trasladaron a Ibaigane el arquitecto encargado de la nueva edificación, Gregorio Ibarreche, se encargo de una primera remodelación de Villa María, para adaptarlo al uso de oficinas. Se cree que las mismas se utilizaron para instalar los despachos pertenecientes a la naviera Sota-Aznar.

Hubo otra reforma en el año 1909, pero la fecha que cambio la morfología del edificio fue la intervención realizada en 1918. Hasta dicha fecha la vivienda era una edificación aislada siendo su fachada principal la que miraba a San Vicente. Todo cambio cuando se decidió instalar las nuevas oficinas de la naviera Sota-Aznar en los terrenos que se encontraban entre Villa María y Alameda Mazarredo. El edificio, obra de Manuel María Smith, tiene su entrada principal en el chaflan de la manzana por lo que su parte trasera da directamente a lo que era la fachada principal de la villa. Se decidió adosar las dos edificaciones pasando la fachada principal de la villa a ser la medianera que lo separaba del nuevo edificio de oficinas. Eso obligó a reubicar la entrada principal a la villa situándose en la fachada que daba a la calle Ibañez de Bilbao.

En la Guerra Civil y dado el reconocido carácter nacionalista de la familia de la Sota el ejército sublevado requiso la propiedad de Villa María a la familia. Posteriormente se instaló en el mismo la Comandancia Marítima y finalmente hoy alberga la sede de la Capitanía Marítima de Bilbao.

Aún y todo, dicha reforma no fue la última siendo el proyecto de 1993 el que confirió el aspecto definitivo al edificio. Lo más destacable de esta última reforma es que se centro la entrada de la vivienda (hasta entonces se encontraba en un lateral), se le dio un carácter más monumental a la entrada duplicando la escalinata de acceso y se intento recuperar al máximo los elementos originales, destacando la vidriera del espacio central.