El inmueble original, obra de Severino Achúcarro (1841-1910), ocupaba una parcela de más de 50.000 m2 entre la calle Ramón y Cajal y la actual avenida Madariaga. Era un chalé de cuatro plantas, con un pequeño hipódromo rodeado de bosques y jardines.

La familia Ybarra era propietaria de esta residencia, situada en la antigua anteiglesia de Deusto, zona elegida por la burguesía bilbaína de finales del siglo XIX para sus viviendas unifamiliares.

En la década de 1930 se construyó el edificio anexo y se eliminó la escalera principal. En 1936, el Gobierno vasco convirtió Bidarte en hospital para heridos de guerra. Tras la Guerra Civil, siguió teniendo uso sanitario como Clínica 18 de julio hasta su abandono en 1984. Después fue ocupado temporalmente, lo que aceleró su deterioro, y un incendio estuvo a punto de destruirlo.

La recuperación del Palacio Bidarte comenzó en 1998 con su conversión en Centro Municipal de Deusto. La ampliación de 2002 culminó su restauración. Además, está incluido en el Inventario del Patrimonio Arquitectónico de Interés Artístico del Gobierno vasco, lo que exige su mantenimiento y conservación.