En 1996 Patrick de la Sota, por aquel entonces presidente de la Cámara de Comercio, junto con otras 72 personas pusieron en marcha una fundación privada con el nombre de Museo Marítimo Ría de Bilbao. Gracias a que cada uno de las 73 personas impulsoras puso 10.000 pesetas la fundación se lanzó en busca de fuentes de financiación que hicieran posible la puesta en marcha de un Museo Marítimo en Bilbao.

El ayuntamiento de la villa apoyó la iniciativa cediendo los terrenos que se encontraban bajo el recién inaugurado puente de Euskalduna. De igual manera la Diputación Foral de Bizkaia dotó a todo el entorno de una urbanización adecuada para poder albergar el museo.

Con todas las necesidades satisfechas, en junio del año 2000 se iniciaron las obras del museo. El proyecto corrió a cargo de la empresa de ingeniería bizkaitarra SENER, bajo la dirección de Juan Francisco Paz.

Finalmente el museo fue inaugurado el 20 de noviembre de 2003. La construcción costó 17 millones de euros.

El Museo se divide en dos espacios: la parte interior y el exterior en el que destacan piezas de gran valor histórico y patrimonial como la grua Carola, la Casa de Bombas y los Diques Secos de Euskaduna, que el pasado 20 de junio cumplieron 150 años. Uno de estos diques es considerado el dique civil más antiguo del Estado.