Euskal Museoaren eraikina Jesusen Lagundiaren San Andres Ikastetxe gisa sortu zen. XVII. mendearen hasieran finantzatu zen, Domingo de Gorgolla bilbotarraren dohaintzari esker, eta batez ere 1610 eta 1630 artean eraiki zen, mendearen bigarren erdira arte amaitu ez bazen ere. Proiektua Martin Ybañez de Zabalbiderena zen, eta eliza bat eta ikastetxe bat biltzen zituen, hiru solairuri eusten zien zirkuluerdiko arkuak eta pilareak zituen klaustro baten inguruan antolatua. Jesuiten presentziak Bilbon Latinitatea, Kristau doktrina, Teologia, Morala, Logika, Metafisika, Fisika eta Gramatika irakasteko aukera eman zuen.

Karlos III .ak 1767an agindutako jesuiten kanporatzearen ondoren, haien ondasunak Koroara pasa ziren. 1770ean, Bilboko Udalak eskatuta, Joan Santuen eliza Atxuritik konplexuko elizara eraman zuten. Lekualdaketa egiteko, eliza eta ikastetxea banandu egin ziren, eta eraikin independente bihurtu ziren.

Ikastetxe zaharrak Miserikordia Etxe Santua hartu zuen mende baten inguruan, txiroak, gaixoak, pertsona ezinduak eta umezurtzak artatzen zituena. 1872an lekualdatu ondoren, eraikinak erakunde publikoak hartu zituen. 1879an Arte eta Lanbide Eskola ezarri zen, 1910-1911 ikasturtera arte bertan egon zena. 1883tik aurrera, Bizkaiko Probintzia Auzitegiarekin partekatu zuen eraikina, eta hark okupatu zuen pixkanaka, 1956an Abandora joan zen arte.

Pixkanaka, Euskal Museoak eraikin osoa berreskuratu zuen museo-erabilerarako. Aldundiak 1917an Etnografia Museoa sortzea erabaki zuen eta 1921ean inauguratu zuen. Geroztik, bere bildumaren eraketa bultzatu zen, nahiz eta Gerra Zibilak prozesu hori eten. Museoak zabaltzen jarraitu zuen XX. mendean zehar eta, Vaillo + Irigaray Architects-ek 2017 eta 2026 artean egindako birgaitze integralaren ondoren, euskal kulturaren erreferente gisa sendotu nahi du.