Nahiz eta gaur egun Itsas Kapitaintzaren egoitza izan, eraiki zenean Abandoko zabalgune berrian industria-gizon aberatsek eraiki zituzten txalet ugarietako bat izan zen. Kutsu frantses nabarmena duen etxe dotore hau Ramón de la Sota Llano ezagunak eraikiarazi zuen.
1885ean Catalina Aburto y Uriberekin ezkondu zen eta lehen urteetan alokairuan bizi ondoren, bikoteak 1890ean Albia Lorategien eta San Vicente elizaren inguruan etxea egitea erabaki zuen, Bilboko zabalgunearen gune pribilegiatuenetakoan.
Bizileku berri horrek, familiak lortu zuen botere ekonomikoa aditzera ematen zuen. Bere enpresa eta sozietate ugariek dirutza ekarri zizkioten garai hartarako, dibidenduetan eta irabazietan. Hori dela-eta, mende aldaketan Bilboko gizarte-dinamikan posizio nabarmena izan zuen.
Familia 10 urtez soilik bizi izan zen etxe horretan. Izan ere, 1900. urtean Ibaigane jauregira aldatu ziren. Urte berean, eraikuntza berriaz arduratzen zen arkitektoa, Gregorio Ibarreche, Villa Maria lehen aldiz birmoldatu zuen, bulego-erabilerara egokitzeko. Antza denez, horiek Sota-Aznar ontziolen bulegoak jartzeko erabili zituzten.
1909. urtean beste erreforma bat egin zen, baina eraikinaren morfologia aldatu zuena, 1918an egindako esku-hartzea izan zen. Ordura arte, etxebizitza eraikin isolatua zen, eta fatxada nagusia San Vicentera begira zuen. Dena aldatu zen Sota-Aznar ontziolaren bulego berriak Villa Maria eta Mazarredo zumarkalearen arteko luzoruetan jartzea erabaki zenean. Eraikina Manuel Maria Smithek egin zuen, eta sarrera nagusia etxadiaren ertzean duenez, atzealdeak zuzenean ematen dio etxearen fatxada nagusiari. Hala, bi eraikinak atxikitzea erabaki zen, eta etxearen fatxada nagusia bulego-eraikin berritik bereizten zuen mehelina bihurtu zen. Hori dela–eta, etxearen sarrera nagusia lekuz aldatu behar izan zuten, Ibañez de Bilbao kalera ematen zuen fatxadan jarrita.
Gerra Zibilean, eta Sota familiaren izaera nazionalista aintzat hartuta, armadak Villa Mariaren jabetza eskatu zion familiari. Ondoren, Itsas Komandantzia jarri zuten bertan, eta, azkenik, gaur egun Bilboko Itsas Kapitaintzaren egoitza bihurtu da.
Hala ere, erreforma hori ez zen azkena izan, eta 1993ko proiektuak eman zion behin betiko itxura eraikinari. Azken erreforma horren alderdirik nabarmenena da etxearen sarrera zentratu zela (ordura arte albo batean zegoen), horrela izaera monumentalagoa eman zitzaion, eskalinata bikoiztuta, eta jatorrizko elementuak ahalik eta gehien berreskuratzen saiatuta, erdiko espazioko beiratea nabarmenduta.
